«Полученный нами геном карликовой березы станет чрезвычайно ценным добавлением в арсенал инструментов, которые мы используем для сохранения популяции берез (в Британии). С его помощью мы планируем оценить генетическое разнообразие среди карликовых берез Британии для подготовки стратегий по их спасению», — заявил один из авторов открытия Джеймс Борелл (James Borrell) из университета Королевы Марии в Лондоне (Великобритания).
Группа генетиков под руководством Ричарда Баггса (Richard Buggs) из университета Королевы Марии расшифровала геном карликовой березы (Betula nana), пытаясь найти генетические корни эпидемии бронзовых узкозлаток (Agrilus anxius) в европейских березовых рощах.
Как объясняют ученые, бронзовые узкозлатки (Agrilus anxius) питаются корой и другими частями ствола берез. До настоящего времени эти жуки обитали только на территории Соединенных Штатов и Канады и не присутствовали на территории Старого Света. Европейские и азиатские березы не обладают устойчивостью к узкозлаткам, и их проникновение на территорию Британии и других европейских государств стало причиной настоящей экологической катастрофы.
Баггс и его коллеги собрали образцы клеток березы в северных районах Шотландии, извлекли из них генетический материал и расшифровали его. В общей сложности геном карликовой березы содержит в себе 450 миллионов нуклеотидов — «букв» ДНК.
Авторы статьи отмечают, что по своему качеству виртуальный геном Betula nana не уступает аналогичным последовательностям для человека и других организмов. Каждый нуклеотид был в среднем прочитан 67 раз, что минимизирует число возможных ошибок при секвенировании генома.
Исследователи провели черновое исследование генома и выделили в нем несколько подозрительных участков, которые могут влиять на способность березы защищаться от нападений узкозлаток. Баггс и его коллеги планируют сравнить их с аналогичными фрагментами в геномах 15 других видов берез, и найти причину уязвимости. Виртуальный геном Betula nana был опубликован в открытой онлайн-библиотеке Dryad.
«Карликовая береза является отличной моделью для изучения генетики берез. Ее легко выращивать и проводить с ней эксперименты благодаря небольшим размерам, а ее геном заметно меньше, чем у некоторых других видов берез. Этот геном будет полезным источником данных для всех ученых на Земле, изучающих различные виды берез», — заключает Баггс.